아버지가 납북되고 어머니마저 앓아누운 소년 구식이 앞에, 수상한 남자가 아버지의 친구라며 나타난다. 허씨 아저씨라는 남자를 따라 서울로 전학간 구식이는 그곳에서 똘이와 숙이를 만나게 되는데, 똘이는 구식이에게 이상한 점을 발견한다. 허씨 아저씨에게 속은 구식이는 남파 간첩 두목인 '제1공작원 불여우동무'와 접선하던 중 똘이에게 들키게 된다. 똘이에게 가면이 벗겨진 늑대 간첩은 숙이의 삼촌인 과학자를 간첩선으로 납치하려 하고, 이를 알아차린 똘이 장군은 동물 친구과 함께 현장을 급습한다. 따발총 든 붉은 늑대들이 똘이장군을 포위한 가운데 '불여우동무'는 하얀 소복 입은 여우로 변신하여 본색을 드러낸다. 그러나 똘이장군은 죄를 뉘우친 구식이의 희생에 힘입어 불여우를 물리치고, 석양을 바라보며 '자유대한 만세'를 외치며 영화는 끝난다.