도쿄를 잿더미로 만들었던 고지라는 화산으로 유도되어 자취를 감추었다. 하지만 고지라가 남긴 ‘G세포’를 둘러싸고 정부와 기업들의 암투가 계속되고, 그 과정에서 한 여성 과학자가 희생된다. 유전자 공학의 권위자였던 과학자의 아버지는 G세포와 장미, 그리고 딸의 세포를 융합시킨 ‘영원히 시들지 않는 장미’를 만들어 내는데… 이때 테러리스트들이 잠든 화산을 폭발시키며 고지라가 되살아난다.