"2만 년 후의 지구"에 돌아와 필사적인 전투로 고질라를 쓰러트리는 것에 성공하는 인류. 그러나 기쁨도 잠시, 지구 깊은 곳에서 고질라 어스가 나타나고, 인류는 뿔뿔이 흩어져 버린다. 인류 생존의 희망과도 같은 "후츠아"와 만난 인류는 21세기에 그들이 후지산에서 「대 고질라 결전병기」의 개발을 하고 기동 직전에 파괴된 "메카고질라"의 개발 계획이 지금까지 남아있다는 것을 안다. 그곳에서 인류는 메카고질라의 잔해에서 새로운 무기요새 도시 "메카 고질라시티"를 세우고 "고질라 어스"와의 전쟁을 계획하지만….