마법소녀는 절망에서 구원 받을 수 있을까— 순환의 이치에 이끌린 소녀들의 새로운 이야기가 시작된다 한때는 행복한 나날을 보내던 한 소녀, 카나메 마도카는 그 작은 목숨을 걸고 모든 마법 소녀들을 잔인한 운명의 사슬에서 구해낸다. 유일하게 마도카의 존재와 과거에 대한 기억을 간직한 채 남겨진 마법 소녀 아케미 호무라는 그녀가 남긴 세계에서 홀로 전투를 계속한다. 「그리운 그 미소를 위해 우리는 꿈을 꾼다—」