2100년. 세계는 초고속 철도 시대에 진입하고 트레인 히어로들은 레이저 레일 위를 달리기 위해 오늘도 열심히 훈련을 받는다. 그리고 그들은 수많은 구조 활동을 거치며 조금씩 성장해 가고 있다. 그런데 어느 날, 10년 동안 기억을 잃고 떠돌던 인공위성 아우리온이 지구에 접근한다. 아우리온은 인간들이 기계생명체인 트레인 히어로들을 혹사한다고 오해하고 그들을 해방시켜주려 하는데… 과연 트레인 히어로들은 아우리온의 오해도 풀고, 지구도 무사히 구할 수 있을까?