어느 날 갑자기 요괴열차에 실려 어둠박사 마블로의 소굴 ‘어둠 닌자랜드’에 끌려간 닌자포스. 어둠박사는 전설의 어둠클론을 만들어 온 세계를 지배하려는 거대한 음모를 꾸미고 있었다! 닌털리티를 빼앗겨 최악의 위기에 빠진 닌자포스와 그들에게 찾아온 또 다른 히어로 군단 트레인포스! 과연 두 히어로는 악의 어둠을 날려버리고 세계를 구할 수 있을 것인가?!