20년 전, 세레비가 가지고 있는 비밀의 힘을 얻어 엄청난 부와 권력을 쌓아온 나흐벨츠. 나흐벨츠는 다시 한 번 그 힘을 손에 넣고자 조로아크를 이용해 크라운시티를 혼란에 빠뜨린다. 마을의 수호신이라 불리는 전설의 포켓몬 라이코, 앤테이, 스이쿤이 갑자기 나타나 크라운시티를 파괴하기 시작하는데… 그들은 나흐벨츠에게 조종당한 조로아크가 둔갑한 것이었다! 나흐벨츠에게서 가까스로 탈출한 조로아와 함께 크라운시티로 향하는 지우와 피카츄 일행은 과연 나흐벨츠의 야망을 저지하고 최대의 위기에 처한 크라운시티와 세레비, 그리고 조로아크를 구해 낼 수 있을 것인가!