우주세기(U.C.) 0079년. 스페이스 콜로니 사이드 3에 세워진 지온 공국은 지구권 전역을 통치하는 지구연방에 독립전쟁을 선포한다. 지온 공국의 우세로 시작된 전쟁은 11개월이 지나 교착 상태에 빠지고, 지온 공국군은 지구연방군의 비밀 프로젝트 V 작전을 포착한다. 이어 V 작전에 투입된 연방군 강습함 화이트 베이스가 입항한 사이드 7을 기습 공격한다. 기습으로 혼란에 빠진 사이드 7에서 민간인 소년 아무로 레이는 우연히 지구연방군의 신형 모빌슈트 건담에 탑승해 지온 공국군의 자쿠를 격파한다. 그러나 전투로 인해 대부분의 정규 승무원을 잃은 화이트베이스는 생도와 민간인 소년소녀들에게 운명을 맡긴 채, 피난민들을 태우고 출항할 수밖에 없는 상황에 놓인다. 그렇게 아무로 역시 자연스럽게 건담의 파일럿이 되어 전쟁의 소용돌이 속으로 휘말려 들어간다.