잠시 외출하고 오겠다며 나간 야옹 선생이 며칠째 돌아오지 않자 걱정되는 마음에 나츠메는 야옹 선생을 찾아 나선다. 그러던 중 우연히 숲에서 '이시오코시'라는 존재를 만나게 되고, 나츠메는 그를 노리는 수많은 방해세력에 맞서 함께 싸워주기로 한다. 한편, 야옹 선생은 중급들과 함께 '이시오코시'의 역할을 가로채 술 포상을 받기 위해 혈안이 돼 있는데…