야마다 타카토시의 원작 만화 '닥터 코토 진료소'가 극장판으로 돌아왔다! 아름다운 자연으로 둘러싸인 일본의 외딴섬, 시키나섬에서 20년 동안 진료소를 이끌고 있는 의사 코토. 평화로운 나날을 보내던 어느 날, 섬의 저출산 고령화 문제로 인해 진료소가 통폐합될 위기가 찾아오고, 동시에 코토의 몸에 이상 증상이 나타나며 섬에 큰 위기가 닥쳐오는데...