미 해병 여단장 프란시스 허멜 장군은 미 정부를 상대로 극비 군사작전을 수행하던 중 전사한 장병들의 유가족에게 전쟁 퇴역군인과 똑같은 조건의 보상을 해 줄 것을 호소한다. 그러나 그의 호소가 묵살되자 분노한 허멜은 정의의 회복이란 명분하에 과거 악명 높았던 교도소 알카트라즈섬을 장악하고, 이 섬을 찾은 민간인 관광객 81명을 인질로 억류한다. 이들의 반란을 진압하고 샌프란시스코를 살릴 수 있는 유일한 희망으로 스탠리 굿스피드를 발탁한다. 그리고 알카트라즈를 탈옥한 유일한 생존자이자 현재 33년째 극비리에 복역 중인 죄수 존 메이슨이 역침투의 척후병으로 발탁되어 세상의 빛을 보게 된다.