알파몬이 나타나는 바람에 파괴되었던 오다이바는 조금씩 복구작업이 진행 중이다. "일본에 돌아가면, 꼭 따뜻한 온천에 몸을 좀 담가보고 싶었어!" 소리치는 미미(미나). 새로운 친구 메이코 모치즈키와 메이코몬을 환영하기도 할 겸 선택받은 아이들은 근처 온천으로 향한다. 모두가 즐거운 시간을 보내지만 끝내 조(정석)는 모습을 보이지 않는다. 조(정석)는 대학입시라는 현실과 선택받은 아이들이라는 운명 사이에서 갈등하며 괴로워하고 있었던 것이다. "왜 또 우리가 이 일을 해야만 하는거지?" 그때, 감염된 디지몬이 오다이바에 등장하여 난동을 부리고, TV 중계를 접한 미미(미나)와 팔몬은 그 즉시 움직이기 시작한다. "사람들에게 착한 디지몬들도 있다는 걸 보여주자!" 미미(미나)와 팔몬은 코시로(한솔)의 만류도 무시하고 행동에 나섰지만 예상치도 못한 결과와 맞닥뜨리게 된다. 조(정석)와 미미가 각각 자신만의 갈등에 빠져 고민하는 가운데, 츠키시마 고등학교의 축제날, 누군가가 그들의 앞에 나타나는데...