일본의 미래에는 경제가 붕괴되고, 나라가 빈민가로 변했다. 거대 국제기업 “쿠로다 그룹”는 대부분의 사람들을 빈곤으로 몰아 넣고 세계 지배를 획책하고 있다. 쿠로의 막강한 힘에 대응하는 비밀 기관인 '고쿠라쿠'는 내부에 암살에 능한 조직된 “레이디 닌자”를 앞세워 쿠로다 그룹과 생사를 건 싸움을 하고 있다. 비밀 요원들은 “레이디 닌자"라고 불리워 지며 세계를 지배하려는 거대 기업 쿠로가 만들어낸 용병들과 싸우며 그들의 정보를 취합하고 있다. 하지만 어느 날, 생체병기를 만드는 유전자 공학의 부작용으로 나타난 강력한 살인마 야챠가 레이디 닌자들을 사냥하기 시작한다. 누가 살아남을 것인가? 지구의 미래를 위해 레이디 닌자들의 처절한 싸움이 시작된다.