꿈속에서 타미노는 거대한 뱀에게 쫓기다가 밤의 여왕의 세 시녀에게 구조된다. 시녀들은 그에게 밤의 여왕의 딸인 파미나 공주가 악당 자라스트로에게 납치되었다고 말하며, 공주를 구출해오라는 임무를 받고, 파파게노와 함께 모험을 떠난다. 여정 중에 자라스트로가 사실은 악당이 아니라, 빛의 지혜를 추구하는 현자였고 파미나는 납치된 것이 아니라, 밤의 여왕의 어둠으로부터 벗어나기 위해 스스로 자라스트로의 세계로 온 것이 밝혀진다. 밤의 여왕은 파미나에게 칼을 건네며 자라스트로를 죽이라고 명령하지만, 결국 밤의 어둠은 빛과 지혜 앞에서 무너진다. 타미노와 파미나는 시련을 극복하고 진정한 사랑과 깨달음을 얻어 빛의 세계로 나아가게 된다.