가슴을 파고드는 뜨거운 끌림! 잊혀지지 않을 이야기의 시작 <맨체스터 바이 더 씨> 아파트를 관리하는 잡역부로 일하며 혼자 살고 있는 ‘리’(케이시 애플렉)는 어느 날 형 ‘조’(카일 챈들러)가 심부전으로 위급하다는 소식을 듣고 고향 맨체스터로 향하지만 결국 임종을 지키지 못한다. 남겨진 조카 ‘패트릭’(루카스 헤지스)과 함께 변호사를 찾아 유언을 확인하고, 그는 형이 자신을 후견인으로 지목했다는 이야기를 듣게 된다. 혼란에 빠진 ‘리’는 조카와 함께 자신이 생활하던 보스턴으로 떠나려고 하고, ‘패트릭’은 맨체스터를 떠날 수 없다고 소리친다. 그러던 중, 전 부인 ‘랜디’(미셸 윌리엄스)가 ‘리’의 앞에 나타나며 잊고 지낸 과거의 기억이 하나 둘 떠오르게 되는데…