블랙홀에서 온 외계인들의 메카고질라를 앞세운 지구침략 작전은 실패로 돌아갔다. 하지만 블랙홀 외계인들의 후발대는 고질라에게 파괴된 메카고질라의 잔해를 회수하고 다시 부활시키는 데 성공한다. 여기에 세상에 대한 원한으로 가득한 지구인 과학자가 사육하던 괴수 티타노 사우르스까지 가담해 다시 지구침략을 시작한다. 이들에 맞서는 고질라는 다시 한번 지구를 지킬 수 있을까?