올 가을, 세상에 없던 유일한 미스테리 판타지! 할아버지의 죽음의 단서를 쫓던 제이크는 시간의 문을 통과해 놀라운 비밀과 마주한다. 시간을 조정하는 미스 페레그린과 그녀의 보호아래 무한 반복되는 하루를 사는 특별한 능력의 아이들. 그러나 이들을 사냥하는 어둠의 세력 '할로가스트'가 제이크를 따라 시간의 문을 통과하게 되는데... 미스 페레그린과 제이크, 그리고 아이들은 특별한 능력을 사용해 눈에 보이지 않는 무시무시한 적의 위협에 맞서야 한다. 시간과 공간을 넘나드는 이들의 대결이 팀버튼의 마법같은 상상력으로 펼쳐진다.