세상에서 가장 사랑스러운 문제견 베토벤... 더욱 유쾌하고 새로워진 모험이 시작된다! 베토벤'은 '조지'가 유럽에 다녀올 동안 '리처드'의 집에 맡겨지지만, 변기속의 물을 마시고 침을 사방에 흘리고 온 집안을 어지르는 등 끊이지 않는 말썽을 피운다. '새라'와 '브렌난'의 엄마는 말썽만 피우는 '베토벤'을 목장으로 보내려고 하고, 아이들은 집에서 베토벤을 키우기 위하여 부모 모르게 개 훈련소에서 교육시키기로 한다. 한편, 부잣집 개이면서 훈련이 아주 잘된 같은 종의 개인 '미켈란젤로'는 집사 '조나단'의 시중을 받는 등 개로서는 귀족스러운 생활을 한다. 그러던 중 '미켈란젤로'는 공원에서 개도둑에게 납치당할뻔한 위기 속에 때마침 같이 공원에 나온 '베토벤'과 뒤섞이게 된다. 개 주인들은 서로 개가 바뀐 줄 모르고 각자의 길을 가게 된다. '미켈란젤로'로 오인된 '베토벤'은 저택에서의 환경보호 캠페인 중 사고를 치고 '리처드' 집에 와 있는 '미켈란젤로'는 교육받은 행동을 보이며 주인의 인정을 받는다. 개들의 달라진 행동을 이상하게 여긴 주인들은 개들에게 진정한 행복은 원래의 생활을 돌려주는 것이라 생각하고 나름대로 애를 쓰는데...