에도 시대에 막부가 설치한 의료기관 코이시가와 양생소(小石川養生所)의 '빨간 수염'이라고 불리어지는 소장은 뛰어난 의술을 베풀면서 동시에 부유한 사람들의 약점을 잡아 돈을 벌어들이는 재주를 가지고 있다. 더불어 힘도 센 장사이다. 한편 출세를 꿈꾸는 신참 의사는 빈민들을 상대로 하는 의료행위를 못마땅해하는데, 결국에는 빨간 수염 선생님의 인격에 감화되어 환자들에게 친절을 베푸는 훌륭한 의사가 되어간다. 그 과정에서 신참 청년의사의 눈을 통해 에도시대의 가난한 서민들이 힘들게 살아가는 생활상을 보여준다. 목수와 그 아내가 격는 비애라든가 창녀촌에 팔려간 소녀와 젊은 도둑의 가련한 우정, 색녀로 태어난 미녀의 애욕, 청춘을 병동에서 썩혀야만 하는 여자가 선임의사에게 보내는 사랑의 마음씨 등 에도 말기의 서민들의 삶이 영화 속에 다양하게 표현되어 있다.