황량한 바람이 휩쓸고 지나가는 영국의 황무지 위에 세워진 오래된 고딕식 건물 안에는 어두운 비밀을 간직한 가족이 살고 있다. 씩씩하고 독립심이 강한 메리는 지진으로 부모를 잃고 이모 댁인 이곳에 도착한다. 그러나 오래 전 이모의 죽음으로 인해 이모부는 실의의 나날을 보내고 있었고, 사촌인 콜린은 어려서부터 병치레가 잦아 화를 잘 내는 고집스럽고 비뚤어진 성격을 갖고 있다. 함께 놀아줄 상대가 없던 메리는 선량하고 조용한 시골 소년 디콘과 어울려 지내게 되는데, 그런 어느날 메리와 디콘은 비밀의 화원을 발견하고 이 버려진 화원을 열심히 가꾸기 시작한다. 그곳은 그들에게 있어서 마법의 세계이며 새로운 별천지인 것이다. 그 새로운 땅에서 그들은 우정을 쌓고 지금까지 외면받았던 화원에는 생명들이 옮겨온다.