우주력 4045년, 인류의 연합군과 파충류 군대 아콘은 전쟁을 마치고 짧은 평화를 누린다. 연합군의 지도자 칼리 디바인 공주는 후계자를 갖지 못해 고민하는 한편 아콘의 새로운 수장 스탈린 장군은 연합군에게 복수를 다짐한다. 그러던 어느 날, 나치의 실험으로 더 강력해진 고대 상어 메가로돈이 나타나고 아콘은 연합군의 비밀병기 빅풋을 꾀어 메갈로돈의 DNA를 획득할 계획을 세우는데...