평화를 되찾은 겁나먼 왕국. 슈렉과 피오나는 둘만의 달콤한 신혼을 꿈꾸는 둘에게 엄청난 일이 생긴다. 피오나의 아버지 해롤드 왕이 위독해져 슈렉과 피오나가 왕위를 계승해야 하는 상황이 벌어진 것. 해롤드 왕은 슈렉에게 피오나의 먼 친척이자 다음 왕위 계승자인 아더왕자를 찾아 오라면 늪으로 돌아가도 좋다는 다협책을 내놓는다. 슈렉은 다시 늪으로 가기 위해 슈렉은 동키, 장화신은 고양이와 함께 머나먼 여정에 나선다. 한 편, 슈렉이 없는 사이 프린스 챠밍은 후크 선장을 앞세워 동화 속 악당을 모아 겁나먼 왕국을 차지하려는 음모를 꾸미고 슈렉이 자리를 비운 사이 겁나먼 왕국을 쳐들어온다. 하지만 이를 저지하기 위해 피오나 등 5공주 백설공주, 신데렐라, 잠자는 숲속의 공주, 라푼젤 그리고 릴리안 왕비는 힘을 합쳐 프린스 챠밍에 맞선다.