핸섬하지만 허풍이 센 프레디, 패션 감각이 탁월한 공주병 환자 다프네, 어리숙해 늘 뒷전에 처지면서도 두뇌 회전만은 빠른 지략가 벨마, 겁 많은 주접꾼 섀기, 그와 성격까지 닮은 견공 스쿠비 두는 신비로운 사건을 전담하는 미스터리 주식회사의 해결사들. 넘치는 개성을 주체하지 못해 각자의 길을 가기로 한 그들은 2년 후 재회한다. 이들은 유령들의 출몰로 관광객이 끊길 것을 염려한 스푸키 섬의 주인 몬다베리우스의 의뢰를 받고 이 수상한 섬으로 향하는 중이다. 영혼마저 앗아가는 괴물을 퇴치하기 위해 섬 전역을 누비는 미스터리 주식회사 5총사는 인류 평화, 우정 회복이라는 두 마리 토끼를 잡기 위해 험난한 모험을 시작한다.