어둠 속에서 임무를 수행하며 살아가는 자들, 시노비. 하지만 정부는 이용 가치가 없어진 시노비들을 제거하기 위해 그들이 숨어 사는 마을을 찾아내는데 혈안이 되어 있다. 그래서 고위 관료인 쥬조는 십 년 전 시노비에게 아내를 잃은 사무라이 도고로와 비밀 조직 ‘검은 날개’를 앞세워 도시 속에 잠입해 있는 시노비를 색출하려 한다. 한편 시노비들도 정부의 움직임을 포착하기 위해 여자 시노비인 스미노를 도시로 보낸다. 주막의 여종업원으로 위장한 스미노는 마을 사람들을 돌보는 도고로의 듬직함에 호감을 느끼고, 도고로 역시 그녀에게 연정을 품는다. 하지만 적이 될 수밖에 없는 두 사람의 운명은, 결국 둘을 전쟁터 한복판에서 다시 만나게 되는데…