로이 피자집 배달원 케노를 도와 상가를 터는 강도들을 혼내주고 돌아온 닌자 거북이는 TGRI라는 화학회사가 무시무시한 돌연변이를 일으키는 특수한 성분의 액체를 아무렇게나 버렸다는 뉴스를 듣게 된다. 이 액체는 바로 닌자거북이를 탄생시킨 것으로 이것이 퍼지면 지구는 온통 돌연변이 투성이가 될 것이다. 한편 닌자거북이들에게 완패당했던 악당 슈레티는 이 액체를 이용해 괴력을 가진 돌연변이 로카 라자를 만들어 닌자거북이에게 도전장을 보낸다. 화려한 무술을 가진 닌자거북이들도 천하무적 라자와 로카에게는 소용이 없자 닌자거북이들은 고민에 빠진다. 하지만 라자와 로카와의 싸움으로 위기에 처하지만 특유의 용맹성과 재치를 발휘하여 다시 평화로운 날을 맞는다.