버뮤다 삼각 지대 상공을 지나던 에어포스원이 알 수 없는 폭풍우에 휩쓸리자 대통령은 탈출기를 타고 심해 한 가운데로 떨어진다. 네메시스 호를 이끄는 '한센' 사령관은 윗선의 지시에 따라 '올리버' 중사와 그 팀원들을 불러들이고 대통령 구조 임무를 맡긴다. 하지만 돌연변이 거대 리프티아가 함대 주위를 둘러싼 채 공격을 퍼붓고, 올리버는 명령을 무시한 채 구조 잠수정을 출발시켜 심해 깊은 곳으로 내려간다. 심해 7천m 지점, 팀원들은 알 수 없는 수중 동굴을 발견하게 되고 비행기와 배의 잔해가 무덤처럼 쌓여있는 곳에서 대통령의 탈출기를 발견한다. 그들은 대통령을 무사히 구출해 네메시스 호로 돌아오지만 리프티아의 공격은 계속 되고 '짐머' 박사와 해양 공학 전문가인 '플러머' 대위는 그들이 단순한 관벌레가 아닌 외계 종족과 관련돼 있다는 사실을 알아낸다.