인류의 운명을 건 마지막 전쟁이 시작된다! 에서 돌연변이들은 치료제 ‘큐어’의 등장으로 역사적 위험에 처하게 된다. 이제 초능력을 치유할 수 있는 선택권을 가지게 되는 대신 그로 인해 고립되며 소외된다. 만약 그것을 원치 않는다면 초능력을 포기한 평범한 인간이 되어야 하는 것. 한편, 알칼리 호수에서 사라져 죽은 줄로만 알았던 ‘진 그레이’가 회생하여 돌아오고 ‘사비에’는 그녀의 숨겨진 이중자아 ‘피닉스’의 부활을 예감, 위험을 경고한다. 모든 상황을 인내해야 한다고 주장하는 엑스맨의 리더 ‘사비에 교수’와 적자생존의 법칙을 신봉하는 ‘매그니토’의 대립된 의견이 시험대에 오르고, 이는 세상의 모든 전쟁을 잠재울 최후의 전쟁으로 이어진다.