영구는 술래잡기를 하다가 숨은 동굴에서 커다란 공룡알을 발견하는데 알에서 깨어난 아기공룡 쮸쮸가 이리저리 헤매고 다닐 때 영구는 쮸쮸를 구해주고 친해진다. 한편 공룡을 노리는 도둑들과 경찰을 피해 영구와 쮸쮸는 동굴로 도망치지만 결국 도둑들에게 잡히고 만다. 이때 서울시내는 쮸쮸를 찾으려는 엄마공룡이 나타나 쑥대밭이 되고 어미공룡의 공격을 막기 위해 국군들이 출동하고 대대적인 전투가 벌어진다. 어미공룡은 쮸쮸를 잡아간 도둑들을 해치우지만 공군의 미사일 공격에 죽고만다. 그리고 영구의 애원에도 불구하고 경찰은 쮸쮸를 향해 발포하지만 쮸쮸는 죽은 척해 위기를 모면한다.