사라진 4개 원소를 되찾고 제 5원소의 비밀을 밝혀라! 1914년 이집트. 한 노학자가 피라미드의 벽에 새겨진 '5개 원소'의 비밀을 밝혀낸다. 2259년 뉴욕. 지구에 거대한 행성이 다가와 대통령을 비롯한 전 군대는 비상상태에 빠진다. 지구를 구해줄 4개 원소를 가진 몬도샤인들은 지구로 오는 도중에 모두 죽게 되고 과학자들은 남은 팔로 유전자 합성을 통해 빨간 머리 소녀 리루를 만든다. 리루는 과학자들에게서 도망치던 중 전직 연방 요원인 코벤을 만나게 되고, 두 사람은 4개 원소를 찾기 위해 피라미드의 예언을 알고 있는 코넬리우스 신부와 함께 파라다이스 행성으로 간다. 한편 무기상인 조르그도 4개 원소를 손에 넣기 위해 그들을 뒤쫓는데…