거인이 모든 것을 지배하는 세계 사람들의 평온한 일상은 무너졌다. [한 마리도 남김없이 쓸어버리겠어.] 그 각오와는 정반대로 갑자기 거인으로 변해버린 주인공 엘런. 자신이 누구인지 갈등하던 와중에 엘런은 그 능력을 써서 인류를 구하게 된다. 어떤 이는 그를 [구세주]라 칭송하고, 어떤 이는 그를 [악마]라 두려워한다. 다음으로 그들 앞에 나타난 것은, 다른 거인들과는 명백히 다르게 지성을 가진 여성형 거인. 그녀는 대체 무엇인가... 엘런에게 숨겨진 능력의 비밀은...