남자들로만 이루어진 센트라디군과 여자들로만 이루어진 멜트란디군은 지구를 둘러싸고 계속해서 전쟁을 해오고 있었다. 갑자기 시행된 공격에 요새는 태양계 밖으로 떨어지고, 지구로 귀환할 방법을 잃어버린다. 민메이의 노래만을 무기로 마크로스는 마지막 싸움을 위해 나서기로 하는데...