정부 지원으로 탄생한 무기 프로그램 엑스 코프가 통제 불능이 되면서 결국 소수의 인류만이 살아남아 근근이 살아간다. 생존자 지역 중 하나인 스네이크강 기지의 스피어스 중위는 순찰 중 우연히 한 남녀가 사이보그에 쫓기는 걸 목격하고 의문의 데이터 드라이브를 손에 넣는다. 스피어스 일행은 엑스 코프의 공동 창립자 잭 킬모어를 데려와 기계들을 반격할 기회를 노리는데…