우리는 알고 있다. 이 밖에는 더 넓은 세계가 있다는 것을… 인간의 손길이 닿지 않은 땅에서 뮤츠와 복제 포켓몬들은 조용히 살고 있었다. 그러나 뮤츠는 그 속에서 ‘나는 누구인가?’라는 자문 자답에 답을 내지 못하고 있었다. 한편, 지우 일행은 깊은 산을 헤매던 중 여인숙을 운영하는 한 여인을 만나 그곳에서 묵게 되었다. 그러나 뮤츠를 찾고 있던 비주기는 뮤츠가 있는 곳을 알아내고, 비밀리에 어느 계획을 진행한다. 그 계획에 지우와 친구들도 말려들게 되고, 뮤츠와 복제 포켓몬들의 운명을 건 장렬한 배틀이 지금 시작된다.