미케나 마을에 도착한 지우와 피카츄. 갑자기 등장한 디아루가와 펄기아, 기라티나의 싸움으로 수천 년 전, 인간에게 배신 당해 잠들었던 아르세우스가 분노와 함께 깨어난다! 복수를 위해 아르세우스는 미케나 마을을 공격하고, 신전의 수호자 시나는 이를 막아보려 하지만 그의 강대한 분노 앞에 마을은 돌이킬 수 없는 위험에 빠진다. “초극하라! 시공의 운명이여!” 지우와 피카츄 일행은 미래를 구하기 위해 시공간을 초월한 모험을 떠나고, 그곳에서 엄청난 비밀을 마주하는데…