신들의 올림푸스를 지배하고 있는 제우스(Zeus: 피터 로리 목소리 분)와 인간인 어머니 사이에서 태어난 헤라클레스(Hercules: 케빈 소보 목소리 분)는 타고난 힘과 용맹함으로 인간세상에서 명성이 높다. 고향에 돌아온 어느 날, 헤라클레스는 제우스가 자신의 어머니를 올림푸스로 데려가자 그때부터 제우스에게 분노한다. 한편, 제우스의 부인인 여신 헤라(Hera: 조이 왓슨 목소리 분)는 인간, 더욱이 여자를 올림푸스로 데리고 온 제우스에게 분노를 느끼고, 그에게 복수하기 위해 음모를 꾸민다. 헤라는 제우스의 힘의 원천인 '크노로스'라는 돌을 빼앗고, 지하세계의 감옥에 갇혀 있던 거대한 괴물들을 풀어 올림푸스를 공격한다. 마침내 올림푸스의 신들은 모두 동물로 변해버리고, 올림푸스도 폐허가 되고 만다. 그런데 헤라의 욕심은 여기서 끝나지 않고, 이제 세상을 지배하려는 야욕을 불태운다. 한편, 오해를 풀고 제우스를 용서한 헤라클레스는 여전사 제나(Xena: 루시 로레스 목소리 분)와 함께 헤라의 수중에 들어간 올림푸스를 구하러 떠나는데.