잘생긴 얼굴만 세상을 구하는 건 아니지! 인간과 요괴 사이에서 존재하던 고대의 휴전 협정이 수 천년이 지난 후, 세상을 지배하려는 요괴 세상의 누아다 왕자에 의해 깨어진다. 누아다 왕자는 세상을 장악하기 위해 파괴를 목적으로 한 기이한 창조물들을 찾고, 수 천년간 잠들어있던 최강의 군단 ‘골든 아미(Golden Army)’ 를 깨운다. 이에 '헬보이'는 불을 다스리는 여자 친구 ‘리즈’, 사람의 마음을 읽는 ‘에이브’ 등, 각기 다른 능력을 가진 BPRD 요원들과 함께 누아다 왕자와 골든 아미를 막기 위한 최강의 대결을 시작한다!