대한민국 최고의 전투조종사들로 구성된 특수 비행팀 '블랙이글스'의 최연소 조종사 태훈은 천재적 비행실력 못지 않은 타고난 장난기와 호기심으로 온갖 소동을 몰고 다니는 문제아. 어느 날 고난도 비행을 시도하던 중 순식간에 에어쇼를 난장판으로 만든 그는 결국 블랙이글스에서 퇴출당한다. 그 후 친형처럼 의지하던 대서가 편대장으로 있는 21전투비행단에 오게 된 태훈은 동기생 유진과 후배 석현을 만나 차츰 적응해 나간다. 하지만 비행단내 '탑건'으로 불리우는 원칙주의자 철희와 사사건건 부딪히게 되고, 태훈은 철희와의 비행 대결을 앞두고 정비대대 최고의 에이스 세영에게 도움을 청한다. 그러던 어느 날 여의도 상공에 정체 모를 전투기가 출현했다는 공습 경보가 발령되고, 태훈, 유진, 대서, 석현은 출격을 준비하는데...