세계적인 제약회사의 회장인 다코는 연구원인 사쿠라이 오사무와 후루에 긴자부로를 파로 섬으로 보낸다. 파로 섬에서만 자라는 소마 열매는 강력한 마취 성분을 갖고 있으며 중독성이 없는데, 그는 이 열매로 신약을 개발하려 한다. 또한 다코 회장은 연구원들에게 킹콩의 존재 여부 또한 알아올 것을 부탁한다. 파로 섬에 도착한 사쿠라이와 후루에는 킹콩을 발견하고, 소마 열매로 킹콩을 마취시켜 일본으로 데려온다. 한편 7년 전 빙하에 갇혔던 고질라가 깨어나고 바다를 건너 일본에 출몰한다. 일본으로 끌려온 킹콩도 탈출하는데 성공하여 마침내 두 괴물이 격돌하게 되는데...