태평양에서 고기잡이를 하던 어선이 거대한 괴물체에 의해 침몰한다. 타히티의 내륙에 거대한 괴물체의 발자국이 발견된다. 체르노빌 원전 부근에서 방사능에 의한 생물체의 감염여부 실험을 하던 닉 박사는 미국군의 호위를 받으며 맨해튼 근해의 비상 대책본부에 이송된다. 맨해튼 근해의 어선이 괴물체에 의해 침몰했던 것이다. 그 뒤 얼마후 맨해튼의 수산시장을 거대한 괴물이 휩쓸고 지나간다. 닉 박사는 그 괴물이 프랑스의 핵실험으로 만들어진 도마뱀의 변종이라고 판단한다. 또 고질라의 혈액 검사를 한 결과 고질라가 무성생식을 하며 수컷이지만 태어나면서부터 임신을 한 상태이기 때문에 맨해튼의 어딘가에 무수히 많은 알을 낳았을 것으로 추측한다.