전장에 나간 아버지 켄의 실종 후, 7년. 아네모네는 ‘유레카 세븐’ 대항 특수부대 아시드 소속으로, 그가 싸웠던 도쿄로 간다. 그리고 인류를 구하기 위해 아네모네는 유레카 세븐 내부로 의식을 보내 잠입하는 작전에 참가한다. 아네모네가 그 안에서 마주한 것은… 도미니크와 유레카. 아네모네는 현 세계와 연결된 또다른 세계를 마주하게 되고, 자신을 기다리고 있던 선택의 갈림길에 놓이게 된다.