CIRS가 국가 조직이 된 이후 발족된 극비 조직 SORD. 조직 운영을 위해 ‘특수기능훈련교’ 미하마 학원이 새롭게 탄생하고, 저마다의 이유로 갈 곳을 잃은 소녀들이 학원에 모인다. 그들에게 주어진 것은 총과 실탄. 권총을 사용해 싸우는 레나, 원거리 저격이 특기인 토우카, 폭탄&정보처리 담당 크리스, 첩보활동을 펼치는 닌자 무라사키. SORD의 멤버가 된 소녀들은 경찰이나 군인들이 해결할 수 없는 사건에 뛰어든다. 어차피 언제 잃을지 모르는 목숨, 손에 총을 들고 싸우는 것을 선택한 소녀들의 미래는?