천년 퍼즐의 조각을 둘러싼 숙명적 대결이 시작된다! 천년 퍼즐을 완성시킴으로 인해, 어둠의 유희라는 또 다른 인격을 깨운 유희. 어둠의 유희와의 최후 결투를 끝내고, 일상을 찾은 것으로 보였던 유희와 동료들 앞에 수수께끼의 소년 카미가 찾아온다. 그리고 계속해서 생겨나는 의문의 실종사건! 그 와중에 유희의 영원한 숙적 카이바는 끊임없이 천년 퍼즐을 찾아 다니는데… 모든 조각이 맞춰질 때, 다시 한번 결투의 막이 올라간다!