인간들의 마을에서 멀리 떨어진 포켓몬들의 낙원 자부숲에서 엄격한 법도를 지키며 무리들과 함께 살아가던 ‘자루도’는 우연히 강가에서 인간의 아이를 발견하게 된다. 차마 아이를 외면할 수 없었던 ‘자루도’는 숲의 법도를 깨고 아이에게 ‘코코’라는 이름을 붙여주며 무리에서 떨어져 둘이서만 살기로 결심한다. 그로부터 10년 뒤, 자신을 포켓몬이라고 믿는 소년 ‘코코’는 자부숲을 찾아온 ‘지우’와 ‘피카츄’를 만나 새로운 세계를 알게 되는데… 한편, 자부숲을 지켜주는 치유의 샘을 노리는 위험한 인간들의 발소리가 들려오기 시작한다! 정글의 아이 ‘코코’는 친구들과 힘을 모아 숲을 지킬 수 있을까?