선봉에서 「새벽의 봉기」를 일으킨 샤아는 그 후 지구로 향하고 신기한 능력을 가진 소녀 라라아 슨과 만나게 된다. 한편, RX-78개발계획을 진행 시키려는 아무로 레이의 아버지 템 레이는 모빌슈트 개발에 열쇠를 쥐고 있는 미노프스키의 망명 소식을 듣고 그를 따라 달로 떠나게 되고 그렇게 달 표면에서는 인류 역사에 존재하지 않았던 모빌슈트의 결전이 벌어지려 하고 있었다.