사이드 7의 피난민을 태운 화이트 베이스는 지구연방군의 실전 전력으로 편입되고, 아시아를 거쳐 지구연방군의 대규모 반격 작전이 펼쳐지는 유럽으로 향한다. 그 여정 속에서 아무로 레이는 파일럿으로서의 자만과 좌절을 겪고, 연모의 감정을 품었던 마틸다 중위, 형 같은 존재였던 류 호세이의 죽음을 통해 한층 성장해 나간다. 한편, 가르마 자비 전사의 책임을 지고 한때 지온 공국군을 떠났던 샤아 아즈나블은 다시 전선에 복귀한다. 전세가 점차 지구연방군 쪽으로 기울자, 지온 공국군은 지구연방군 총사령부 자브로를 향해 대규모 공세를 개시한다. 운명적으로 맞서게 된 아무로와 샤아는 치열한 모빌슈트 전투를 벌이며 다시 한번 격돌한다.