“기억하세요. 실패하면 사람들이 죽습니다.” 리브(롭 바드)는 고도의 훈련을 받은 비밀조직 닌자단의 일원으로, 기억을 잃은 채 영문도 모르고 갇혀서 고문을 당한다. 탈출하기 위해서는 그를 납치한 자들보다 먼저, 그가 왜 납치를 당했는지 알아내야만 한다. 그러던 중 자신의 멘 토였던 존 카펜터(로저 니브)의 도움으로 닌자의 필수 덕목 중 하나인 닌주츠(Ninjutsu)를 통해 기억을 찾아가고 탈출에는 성공한다. 그의 기억이 돌아올수록 숨겨져 있던 비밀들은 하나 둘 드러나기 시작한다. 그만이 악의 무리가 위험한 무기를 확보하는 걸 막을 수 있는데…… 과연 그는 주어진 시간 내에 위험으로부터 세상을 구할 수 있을까?