악당의 손아귀에서 무법천지가 된 도시! 세상을 구하러 최강 뮤턴트 닌자터틀이 나타났다! 악당 슈레더와 그의 조직 풋 클랜이 장악해버린 후 범죄와 폭력이 난무하는 뉴욕시. 열혈 기자 에이프릴 오닐(메간 폭스)과 카메라맨 버논 펜윅(윌 아넷)은 슈레더의 음모를 파헤치기 위해 나서고, ‘닌자터틀’의 존재와 함께 악당 슈레더와 손 잡은 사업가 에릭 삭스(윌리암 피츠너)의 음모가 드러나게 된다. 하수구에 살던 네 마리의 ‘닌자터틀’ 레오나르도, 도나텔로, 라파엘, 미켈란젤로는 암흑으로 변해가는 도시를 구하기 위해 거리로 나오는데....