디지털 월드로 통하는 게이트가 원인도 모른 채 닫혀 버린지도 대략 1년이란 시간이 흐르고, 이른바 ‘선택받은 아이들’도 훌쩍 커서 타이치가 고등학교 2학년이 되었다. ‘선택받은 아이들’도 각자의 바쁜 생활에 쫓기며 서로 만나는 일도 점점 줄어들고 있던 가운데, 어느날 도심 한가운데 쿠와가몬이 나타나 날뛰기 시작한다. 날뛰는 쿠와가몬을 막기위해 홀로 아수라장으로 뛰어든 타이치. 그러나 아구몬 없이 혼자서는 역부족이라는 것을 깨닫고 위기에 빠지는 순간, 아구몬이 나타나 타이치를 구해준다. 힘을 합쳐 쿠와가몬을 막아내고 디지몬과 선택받은 아이들이 한자리에 모두 모이며 재회의 기쁨을 나누는 것도 잠시, 의문의 단체가 그들에게 접근해 오는데...