라쿤 시티 지하에 위치한 거대한 유전자 연구소 '하이브'에서 어느 날 치명적인 바이러스가 유출된다. 연구소를 통제하는 슈퍼 컴퓨터 레드퀸은 연구소의 모든 문을 차단한 뒤 연구원을 죽이며 인간에게 대항하기 시작한다. 정부는 레드퀸과 바이러스를 막기 위해 특공대를 파견하고, 여기에 기억상실증에 걸린 앨리스(밀라 요보비치)가 합류한다. 이들은 3시간 이내에 레드퀸을 제압해야 하지만, 연구원들이 모두 좀비로 변했다는 사실이 확인되면서 사태는 더욱 심각해진다.