큰 뱀에 쫓기던 이집트의 왕자 타미노는 밤의 여왕의 시녀들의 도움으로 위험에서 벗어난다. 밤의 여왕에게 폭군인 자라스트로가 그녀의 딸 파미나를 납치해갔다는 사실을 전해 듣고 파미나를 구출하기로 결심한다. 이때 여왕이 타미노에게는 맹수도 잠재울 수 있는 마술피리를, 동행자인 새잡이 파파게노에게는 영롱한 소리가 나는 요술종을 건넨다. 그리고 여왕은 밤 중에 파미나를 찾아가 단도를 건네주며 자라스트로를 죽이라고 살인을 교사하지만 실패로 돌아가고, 타미노는 자라스트로가 의로운 철학자라는 사실을 알게 된다. 타미노는 그 일원이 되기 위해 수련을 시작하지만 그가 침묵 수행의 시련을 받고 있을 때 등장한 파미나는 말을 하지 않는 타미노의 모습에 버림받았다고 오해를 하게 되고, 결국 자살을 시도하는데…